Daran, dass dieser Yoga schon in den alten heiligen Schriften erwähnt wird, lässt sich erkennen, dass es sich um eine uralte Yogapraxis handelt. Sie ging im Laufe der Jahrhunderte jedoch verloren und wurde erst von Mahavatar Babaji wiederentdeckt, der angeblich 203 n.Chr. geboren wurde.
Babaji wird in der „Autobiographie eines Yogi“ (1946) von Paramahansa Yogananda als ein unsterblicher Yogi beschrieben, der als vollkommen erleuchtetes Wesen in Lichtgestalt auf die Erde zurückkehrte und verschiedenen Yogis erschien, um ihnen die Kriya Yoga Technik zu vermitteln.
Einer dieser Schüler war Lahiri Mahasaya. Er soll Babaji 1861 begegnet sein, der ihn dazu aufforderte, andere Menschen in den Kriya Yoga einzuweihen und ihnen zu zeigen, dass diese Praxis nicht nur für in Askese lebende Mönche geeignet ist, sondern auch für „moderne“ Menschen mit einem weltlichen Leben.
Von da an unterrichtete Mahasaya Menschen aller Glaubensrichtungen und Schichten im Kriya Yoga. Sein bekanntester Schüler war Sri Yukteswar Giri, der 1903 den bekannten Karar Ashram gründete, in dem er tausende Menschen im Kriya Yoga unterrichtete.
Auch Paramahansa Yogananda gehörte zu Giris Schülern. Er wurde dazu ausgewählt, die Kriya Yoga Praxis in der ganzen Welt zu verbreiten. Dazu gründete er 1917 die „Yogoda Satsanga Society of India“ (YSS), eine Organisation, die sich der Verbreitung des Kriya Yoga widmete.
1920 reiste Yogananda für eine Vortragsreihe in die USA und gründete in Los Angeles die „Self-Realization Fellowship“ (SRF), eine Organisation, die heute über 500 Meditationszentren in mehr als 50 Ländern und mehrere Tempel umfasst.